Les sources chaudes de Yamaga étaient déjà enregistrées en tant que village thermal sur le Wamyosho, dictionnaire écrit durant l’ère Heian il y a plus de 1000 ans de cela. On raconte que la source fut découverte il y a 1800 ans, lorsqu’un seigneur local Minamoto no Chikaharu aperçu un cerf blessé soulager ses blessures dans l’eau de la source. Son eau très douce jaillit en abondance et un vieil adage raconte même qu’il y a « 1000 habitations à Yamaga et pas un seul bain », car les habitants pouvaient se baigner directement dans la source.