L’histoire de « Sakura-yu » débute il y a 370 ans, lorsque Hosokawa Tadatoshi seigneur de Higo tomba amoureux de la source et décida d’y construire une maison de campgane, « Ochaya ». Sur la « Carte de Yamaga » dessinée il y a 250 ans, on trouve déjà trace de la source sous le nom de « Gozen-yu » , alors appréciée et utilisée par tous les habitants de Yamaga comme lieu de communication pendant plus de 100 ans, de 1870, date à laquelle elle fut entièrement rénovée, à 1973 où elle fut détruite. C’est pour cela qu’elle était avec le « Yachiyoza » le symbole de la ville thermale de Yamaga.
C’est en 2004 qu’une équipe se rassembla pour lancer le projet « Rénovation de Sakura-yu » , et permit à la source de rouvrir ses portes le 23 novembre 2012.