Yamaga-Onsen wurde zum ersten Mal in dem Schreiben „Wamyoruijusho“, dass in dem Heian-Zeitalter geschrieben wurde, schon vor mehr als 1000 Jahren als Onsen erwähnt. Eine Legende sagt, das vor etwa 1800 Jahren, der Militärkommandeur Shichiro Uno beobachtet hat, wie ein verletztes Reh seine Wunden dort geheilt hat. Daraufhin soll er diese heiße Quelle entdeckt haben. Die heiße Quelle hat ein weiche Wasserqualität und ist sehr üppig, deshalb wird gesagt: "Tausend Häuser in Yamaga und keine Wanne in Sicht“.