聖護寺は、12代菊池武時に招かれた大智禅師によって延元３年(1338年)に開山されたといわれています。
大智禅師は宇土郡長崎村に生まれ、各地で修行を重ねた後、元に渡って学び、永平寺第6代の正嫡となった禅僧です。菊池に招かれて一族を教導し、精神文化の発展に寄与しました。
禅師が玉名に移った後も寺は数十代続き、明応6年(1497年)の古塔群にも僧名が残されていますが、後に廃寺となりました。昭和17年頃、村上素道師が大智禅師の遺徳を慕って入山し、再興に尽力しました。