L’édifice actuel de l’église, d’un blanc immaculé et de style romanesque, fut achevé en 1933. Elle fut construite par le père Garnier, qui passa sa vie en tant que missionnaire à Amakusa, et paya entièrement sa construction. C’est aujourd’hui encore un symbole pour les chrétiens de Amakusa. A l’intérieur, se trouvent une statue du père Garnier et de la Vierge Marie de Lourdes. Les 5 poètes japonais à l’origine des « Cinq paires de chaussures » (Hakushu Kitahara, Isamu Yoshii, etc) ont eux-même fait la visite jusqu’à l’église pour rencontrer le père Garnier.
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